En este episodio controlamos a los Terran.
Después de que la colonia Chau Sara fuera destruida por la raza alienígena "Protoss" (desconocida en ese momento) debido a una total infestación por otra raza alienígena, que más tarde se conocería como los "Zerg", la confederación decide poner en cuarentena a la colonia más cercana, Mar Sara, y ordena al magistrado (el jugador) a trasladar a los colonos a zonas deshabitadas, con la ayuda del comandante de la zona Jim Raynor. Sin embargo, los Zerg continúan su invasión. Finalmente, Raynor desobedece la orden de esperar refuerzos y ataca a los Zerg. Después de destruir una instalación infestada, Raynor es puesto bajo arresto por el General confederado Edmund Duke. Tras esto, los Zerg realizan un ataque masivo sobre Mar Sara. La milicia del planeta no tiene armas para combatirlos y en un intento desesperado por escapar, el magistrado se une a los Hijos de Khoral, un grupo armado extremista, este les evacua de Mar Sara. Después de varias misiones bajo el mando del jefe de Los hijos de Korhal, Arcturus Mengsk (en las cuales Raynor conoce a Sarah Kerrigan, un ghost "fantasma" que es segunda al mando de las fuerzas de Mengsk). Cuando los Zerg derriban la nave de Duke, el Norad II. Mengsk ordena a Raynor salvar a Duke y a su tripulación, y a cambio Duke, muy a su pesar, une fuerzas con Mengsk. En Antiga Prime (otra colonia Terran) Mengsk, Raynor y Kerrigan descubren que los confederados fabricaron un dispositivo, el emisor psiónico, que podía atraer a los Zerg y llevarlos a donde se desee. Mengsk le revela a Raynor que Mar Sara y otros planetas fueron campos de prueba para dicho artefacto, y que por lo tanto la presencia Protoss se debía a la presencia Zerg. Mengsk decide utilizar los emisores para destruir el planeta capital de los confederados, Tarsonis. Cuando los Protoss llegan, él envía a Kerrigan a neutralizarlos, y después de hacerlo los Zerg atacan a la fuerza de Kerrigan, y Mengsk decide no rescatarla. Raynor se pone furioso por esto y decide abandonar a Los Hijos de Korhal, huyendo de Tarsonis. Por último, Mengsk busca sobre la superficie de Tarsonis una instalación capaz de interrumpir las comunicaciones Zerg, llamada "disruptor psiónico", pero no tiene éxito.
