En este episodio controlamos a los Protoss.
Los Protoss ya han sufrido mucho con la caída de Aiur en manos de los Zerg, el nuevo Ejecutor (que es el Jugador) acaba de reforzar el puerto estelar de la provincia de Antioch cuidado por el Pretor Fénix por órdenes del Judicator Aldaris. Tres horas después, el Ejecutor con la ayuda del Pretor Fénix logrará matar a un Cerebrado, pero este vuelve a reencarnar. El Alto Templario Tassadar (que había recomendado el ataque al cerebrado) es considerado un traidor a los ojos de Aldaris. Tras este intento fallido, el Ejecutor continua con la defensa de Aiur; Fénix es asesinado por un Hidralisco Zerg, y Aldaris creyendo que estaban ganado la guerra ordena al Ejecutor la captura de Tassadar, quien tenía como compañero a Jim Raynor, Terran que luchó contra los Zerg junto a los Protoss, Tassadar rescató a los Templarios Tétricos de una base Terran infestada, y juntos mataron a los Cerebrados hasta que no pudieron reencarnarse. Al regresar a Aiur, Fénix (en forma de Dragón Protoss), Raynor y el Ejecutor atacan a la Supermente; sin embargo, el poder de los Templarios Tétricos no era sufuciente para destruirla. Por lo que Tassadar, en su nave Gantrithor, dominando los poderes de los Templarios Tétricos prefirió estrellarse contra la Supermente muriendo con ella. La muerte de la Supermente logró darle ayuda a los Protoss de Aiur para huir hacia el mundo remoto de Shakuras.
