En este episodio controlamos a los Zergs.
La Supermente tiene un nuevo Cerebrado a su servicio que es el jugador. Este debe proteger la nueva cría de la Supermente: una crisálida. Con la ayuda de los Cerebrados Zasz y Daggoth que llamados por la Supermente deciden abandonar Tarsonis, para transportar la crisálida a Char, (el planeta volcánico de los Zerg), donde estaría más segura, el jugador se abrirá paso por las filas Protoss y Terran. Pero las emisiones psíquicas de la cría atraen a fuerzas del Dominio Terran y a Jim Raynor. Cuando la crisálida eclosionó, de su interior sale la fantasma Sarah Kerrigan (Infectada por los Zerg) cuyo nombre fue cambiado por la Supermente a La Reina de espadas, su mejor creación. Kerrigan, ahora al servicio de la Supermente, comienza a destruir las colonias de Protoss y Terran en Char, lo que llevó al Alto Templario Tassadar a retirar sus fuerzas de Char. Tras una breve lucha con el llamado Templario Tétrico, el Enjambre descubre la localización de Aiur, el mundo Protoss. Allí la Supermente arrasa con el Templo Protoss y demás zonas de importancia, mientras Kerrigan se quedaba en Char exterminando a los remanentes de los invasores.
